Правильный вариант: Is.
В английском языке глагол "to be" (am, is, are) используется для описания состояния или происхождения. В данном случае вопрос касается происхождения, и для местоимения "he" используется форма "is".
Предложение в полной форме: Is he from Canada?
Он из Канады?
Ответ: Is