Обоснование: 'When I got to the station' - момент в прошлом. Слово 'already' и контекст (поезд уже ушел к моменту моего прибытия) указывают на действие, завершившееся до другого действия в прошлом. Поэтому используется Past Perfect.
Ответ: When I got to the station, the 9 o'clock train had already left.