Анализ: Предложение описывает действие, которое было завершено к определенному моменту в прошлом ('by the time Jeff arrived' - к тому времени, как Джефф прибыл). Это указывает на использование Past Perfect Tense.
Выбор: Вариант A ('have cleaned up') - Present Perfect, не подходит. Вариант C ('had been cleaning up') - Past Perfect Continuous, используется для длительного действия, которое продолжалось до момента в прошлом, но здесь акцент на завершенности. Вариант B ('had cleaned up') - Past Perfect Simple, идеально подходит для завершенного действия к моменту в прошлом.