Правильные варианты: are, are, have.
Объяснение: "The girls" - множественное число, поэтому используется форма глагола "are". "They" также требует формы "are". "Often have" используется для обозначения обычного действия.
Предложение в завершенном виде: What are the girls doing? – They are making an omelette. They often have omelette for breakfast. (Что делают девочки? – Они готовят омлет. Они часто едят омлет на завтрак.)