Водородные связи формируются между атомом водорода одной молекулы (или части той же молекулы), который имеет частичный положительный заряд (δ+), и сильно электроотрицательным атомом (азот, кислород, фтор) другой молекулы (или той же молекулы), имеющим частичный отрицательный заряд (δ-). Таким образом, они не формируются между двумя одинаково электроположительными атомами.