Формирование водородных связей, как и образование любых других химических связей, является экзотермическим процессом. Это означает, что при образовании этих связей система теряет энергию, которая выделяется в виде тепла. Хотя водородные связи слабее ковалентных, они все же являются связями, и их образование всегда сопряжено с выделением энергии.