Пугачев решил помиловать Марью Ивановну по нескольким причинам:
Впечатление от искренности и смелости Марьи Ивановны. Она лично приехала просить за себя, не боясь гнева Пугачева. Её искренность и прямота произвели на него впечатление.
Симпатия к Петру Гринёву. Пугачёв испытывал симпатию к Гринёву за его честность и благородство. Марья Ивановна была невестой Гринёва, и это также повлияло на решение Пугачёва.
Влияние народных представлений о справедливости. Пугачев, как предводитель восстания, должен был демонстрировать справедливость и милосердие, чтобы укрепить свой авторитет. Помилование невинной девушки соответствовало этим представлениям.
Желание показать свою власть и милость. Пугачёв хотел показать, что он может не только наказывать, но и миловать. Это укрепляло его образ как справедливого правителя.