Предложение "What time...?" (В какое время...?) спрашивает о регулярном действии, которое происходит "every morning" (каждое утро). Для описания регулярных, повторяющихся действий используется Present Simple (настоящее простое время).
Таким образом, правильный вариант: "do you wake up".
Ответ: do you wake up