Выбор между 'is' и 'isn't' зависит от того, утверждаем мы что-то или отрицаем.
Слово 'some' в данном случае используется для обозначения неопределенного количества чего-либо. Чаще всего 'some' используется в утвердительных предложениях.
Поэтому, чтобы сказать, что в чашке есть вода, мы используем утвердительную форму.
There is some water in the cup.