В первой части вопроса ('What time ... this afternoon?') спрашивается о конкретном событии в ближайшем будущем, поэтому используется Present Continuous ('is the train leaving'). Во второй части ('We ... tomorrow.') речь идет о запланированном действии, поэтому используется 'be going to' ('are going').
Ответ: is the train leaving / are going