Основными факторами, которые воздействуют на водные биогеоценозы, являются свойства воды (прозрачность, температура, соленость, насыщение газами), приливы и отливы, волны и течения. Структура водных биогеоценозов проще, так как там нет почвы и атмосферы. В них преобладают низшие растения – водоросли. Животное население водных биогеоценозов довольно обширно, однако такие организмы, как высшие членистоногие и позвоночные играют здесь второстепенное значение.
Особенность наземных биогеоценозов в том, что жизнь их организмов определяется самим живым населением (биотическими факторами). Также оказывают влияние такие факторы, как температура среды и ее влажность. Структура наземных биогеоценозов сложнее, а насекомые и позвоночные в них играют важную роль.