Предложение имеет структуру вопроса с отрицанием. Когда мы спрашиваем, работает ли что-то, и получаем отрицательный ответ, но затем уточняем, что оно работало, используется вспомогательный глагол 'do' в соответствующей форме.
В данном случае, "The clock isn't working" — это настоящее продолженное время, но вопрос к нему строится с использованием вспомогательного глагола 'do' в Present Simple, так как речь идет о состоянии или свойстве предмета.
Правильный вариант — "does it", так как "clock" — это третье лицо единственного числа.
Ответ: does it