Разберем каждое предложение:
1) Я понимаю ваши слова, как отказ от моего предложения.
Здесь необходимо поставить запятую, так как "как отказ от моего предложения" является сравнительным оборотом, который выделяется запятыми.
2) Наш сосед известен как опытный садовод.
В данном предложении запятая не нужна, поскольку оборот с союзом "как" в данном случае входит в состав сказуемого.
Ответ: Запятую следует поставить в первом предложении.