..... Tom got green eyes? (У Тома зеленые глаза?)

Решение:

Для образования вопроса в Present Simple с подлежащим 'Tom' (3-е лицо единственного числа) используется вспомогательный глагол 'Does'.

Does + Подлежащее + Глагол в инфинитиве + ...?

Правильный вопрос:

Does Tom got green eyes?