Вопрос:

The train to St. Petersburg ________ when I came to the railway station. Варианты: leaves; left; had left; have left.

Ответ:

The train to St. Petersburg had left when I came to the railway station.

Действие «поезд ушёл» произошло раньше другого действия в прошлом («я пришёл»), поэтому используется Past Perfect.

Ответ: had left — поезд уже ушёл.