В данном предложении речь идет о том, что мальчики не были в школе в прошлую среду. Это отрицательное утверждение, относящееся к множественному числу (The boys - они). Поэтому используется форма глагола 'to be' во множественном числе прошедшего времени, отрицательная форма.
По смыслу предложения, мальчики не были в школе, поэтому выбираем отрицательную форму.
Ответ: weren't