Необходимо выбрать правильную форму глагола, чтобы завершить предложение. В предложении говорится о действии, которое продолжалось в течение 2 часов и завершилось к моменту речи. Это указывает на использование Past Perfect Continuous Tense.
Таким образом, правильным вариантом будет had been running, так как он описывает длительное действие, произошедшее до момента речи в прошлом.
Ответ: had been running