Правильный вариант: had lost.
Past Perfect используется для описания действия, которое произошло раньше другого действия в прошлом. В данном предложении 'He thought' (он подумал) - это действие в прошлом, а потеря денег произошла еще раньше, поэтому используется Past Perfect.
Формула Past Perfect: had + Past Participle (третья форма глагола).
В данном случае, Past Participle глагола 'to lose' - 'lost'.