В данном предложении требуется выбрать глагол, который правильно передает значение состояния Москвы в прошлом. Фраза "Pete said that Moscow..." подразумевает, что речь идет о некотором факте или состоянии, которое было актуально в прошлом. Вариант "was" (была) обозначает завершенное состояние в прошлом. Вариант "has been" (была / является) указывает на состояние, которое началось в прошлом и продолжается до настоящего времени, или на опыт. В контексте описания состояния города в определенный период (весна) более уместен простой прошедший глагол, указывающий на состояние в тот момент.
Таким образом, правильный вариант: was.