Применим ПРОТОКОЛ Б (Пунктуация).
- В первом предложении выделены запятыми обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом: город, находясь на пути продвижения в Сибирь, быстро рос.
- В пятом предложении выделено запятыми обособленное определение, выраженное причастным оборотом: После пожара 1677 года, уничтожившего едва ли не весь Тобольск, из Сибирского приказа воеводе Петру Васильевичу Шереметеву пришло предписание.
- В седьмом предложении выделено запятыми обособленное определение, выраженное причастным оборотом: Для его возведения из Москвы прислали артель каменщиков, которой командовал подмастерье Василий Ларионов.
Следовательно, по одному и тому же правилу пунктуации запятые стоят в предложениях 5 и 7.
Ответ: 5, 7