В данном предложении необходимо поставить запятую после деепричастного оборота "научившись как следует читать". Также, нужна запятая перед союзом "но", так как он соединяет две части сложного предложения: "он прожиживал целыми днями над книжками" и "но читал главным образом сказки".
Ответ: , , .