На месте каких цифр должны быть запятые? Маленькая статья над(1) с почти целиком лицом(2) и красным сердцем на груди(3) продолзенным мечами(3) выглядывала из ветвей.

Запятые нужны при обособленных определениях, стоящих после определяемого слова.

Правильно: Маленькая статья над с почти целиком лицом и красным сердцем на груди, пронзённым мечами, выглядывала из ветвей.

Оборот пронзённым мечами является причастным оборотом и обособляется с двух сторон.

Ответ: 3.