Секретность обеспечивалась тем, что информация о деятельности Приказа была недоступна даже приближённым царя.
Подьячие отправлялись с послами и воеводами для того, чтобы передавать им приказы и получать от них информацию, обеспечивая тем самым связь и контроль.