Правильный вариант: been in, так как эта фраза указывает на то, что Алекс находится в Шотландии в течение двух месяцев и продолжает там оставаться.
Вариант "been to" используется, когда речь идет о посещении места в прошлом, но не о нахождении там в данный момент.
Вариант "gone to" означает, что кто-то ушел или уехал в какое-то место и еще не вернулся.
Ответ: been in