Земноводные дышат с помощью лёгких и кожи, а пресмыкающиеся в основном только лёгкими. Пресмыкающиеся обладают более развитыми лёгкими с большей поверхностью для газообмена. У земноводных часто присутствует кожное дыхание, которое у пресмыкающихся практически отсутствует.