За исключением двух участников (?) всех отметили в списке. → Запятая ставится, так как обособляется дополнение со значением исключения.
Вместо щенка (?) мне подарили котёнка. → Запятая ставится, так как обособляется дополнение со значением включения.
Помимо губернатора и мэра (?) на открытии выставки присутствовали директора школ. → Запятая не ставится, так как оборот с предлогом в значении «за», «взамен» обычно не обособляется.