Ответ:

6.1. В обоих стаканах были одинаковые семена в одинаковом количестве. Воды налили поровну, стаканы поставили в тёплое место. Отличалось то, насколько свободно воздух поступал к семенам.

Вид семян — одинаковый;
количество семян — одинаковое;
температура семян — одинаковая;
влажность семян — одинаковая;
доступ воздуха к семенам — различный.

6.2. Чтобы сравнить стаканы, изменили только доступ воздуха, а остальные условия оставили одинаковыми. Значит, проверяли, нужен ли семенам воздух для прорастания и развития ростков.

Ответ: ученики проверяли необходимость доступа воздуха.