Нарушение обещаний и договоров: После присоединения к России башкирам были даны обещания о сохранении их земель, обычаев и внутреннего самоуправления. Однако эти обещания часто нарушались.
Земельные притеснения: Российская администрация активно занималась конфискацией башкирских земель для строительства крепостей, заводов и для нужд служилого дворянства. Это лишало башкир традиционных пастбищ и угодий.
Чрезмерное налоговое бремя: Введение новых налогов и повинностей, часто непосильных для местного населения, вызывало крайнее недовольство.
Введение новых обрядов и запрет на прежние: Попытки насаждения христианства и ограничения традиционных мусульманских обрядов также стали одной из причин недовольства.
Жестокое обращение со стороны чиновников: Местные чиновники и военачальники зачастую проявляли произвол и жестокость по отношению к башкирскому населению.
Деятельность И.К. Кирилова: Политика Кирилова, направленная на усиление государственного контроля и освоение края, несмотря на ее научную и хозяйственную ценность, воспринималась башкирами как наступление на их права и свободы, что стало непосредственным поводом к началу восстания.
Общее недовольство политикой Российской империи: Восстание было частью более широкого движения народов, недовольных экспансией и политикой Российской империи в XVIII веке.