Where is the pen? - ... is on the table.

The correct answer is 'It'.
Потому что 'it' используется для обозначения неодушевленных предметов в единственном числе. В данном случае 'pen' (ручка) - это неодушевленный предмет в единственном числе, поэтому правильно использовать местоимение 'it'.
It is on the table. (Она на столе.)